曾任职华大基因微生物群体项目组组长，参与MetaHIT宏基因组项目，鼠疫、假结核、副溶血弧菌等物种群体进化项目，结核杆菌的耐药进化分析项目。德国大肠杆菌疫情爆发研究项目，万种微生物计划和人类泛基因组等项目。是多篇著名论文（如Nature Genetics、PNAS、The New England Journal of Medicine）的共同第一作者，享有16S物种丰度分析软件，群体基因组的SNP检测软件，基于blat验证SNP的准确性软件等软件的著作权。