福州大学研究生院（yjsy.fzu.edu.cn）现有各类博、硕士研究生10700余人，1个全国工程专业学位研究生联合培养示范基地，10个省级研究生教育创新基地，11个省级专业学位研究生联合培养示范基地。

福州大学研究生院下设综合管理办公室、博士后管理办公室、研究生招生办公室、培养与学籍管理办公室、学位管理办公室、学位点建设与质量评估办公室等科室。