純屬、路過的回答：

柯南的爸妈，阿笠博士，平次，灰原哀，基德，宫野明美，宏树，苦艾酒，本堂瑛佑，茱蒂·圣提米利翁

浇灭太阳的回答：

柯南是黑暗势力的老大，尼斯部片～

放肆 微笑的回答：

服部平次、灰原衰、阿笠博士、朱莉老师，还有想起再说

Ku Ma熊！的回答：

阿里博士，工藤有希子（柯南他妈），工藤优作（柯南他爸），灰原哀（同病相怜），服部平次，黑衣组织的苦艾酒，宫野志保（灰原哀的姐姐，可惜被黑衣组织干掉了） 据我观察以来觉得怪盗基德也应该知道了，详见柯南剧场版：世纪末的魔术师。最后帮柯南解围的。 而且据我分析，肯定琴酒也应该差不多知道了吧，如果记得没错的话，已经有两个黑衣组织的成员问到过工藤新一的名字，向来很谨慎的他难道不会奇怪嘛~~不过纯属个人猜想。 还有些应该只知道柯南不是一般人，但不知道其真实身份：FBI的赤井秀一，朱迪，和那个老头（名字忘记了）