鹤留山的回答：

1云霄飞车杀人事件 2社长千金绑架事件 5新干线大爆破事件（这个在漫画里犯人就是GIN VODKA，但TV版改了） 13奇怪的寻人事件（女主就是灰原姐姐） 43江户川柯南被绑事件（一个“惊悚”的玩笑） 54电玩公司杀人事件（龙舌兰） 118浪花连续杀人事件（只有一个底层杀人犯） 128黑暗组织10亿抢劫事件 129来自黑衣组织的女子 大学教授杀人事件 130竞技场无差别胁迫事件(前篇) 131竞技场无差别胁迫事件(后篇)（哀对组织情节和自己情况的透露） 170~171黑暗中的死角（新出医生的父亲被其继母杀害 这里是73老师的大伏笔） 188~193危命的复活（APTX的使用 一个大系列） 222人鱼失踪记(事件篇) （提到哀的本名 有人推测哀 和 长生不老的密药有关 所以可能是伏笔） 226-227格斗游戏的陷阱（朱蒂发现柯南不简单 并开始称呼其为COOL GUY） 230`231谜一样的乘客（冒牌的新出） 233无法消灭的证据（回忆） 242元太少年的灾难（结尾处提到GIN） 253-254本厅刑事恋爱物语4（新出和赤井） 258-259来自芝加哥的男子（布莱克与朱蒂是“一伙” 赤井告别长发) 266-268情人节的真实（一个黑色针织帽的男人 看看园子的爱情) 269270犯罪的遗物（有人暗中调查柯南 FBI） 271-272急忙掩饰的忽略（朱蒂的提醒 到了收割苹果的时候了） 274幽灵屋的真相（只看开头） 277-278英语教师VS西部名侦探 279-280英语教师VS西部名侦探 284-285中华街 雨中的似曾相识 286-288 工藤新一纽约事件 289-290迷惘森林中的光彦（同一个杀人犯 不过不是来杀人） 307-308无声的证据 309-311与黑暗组织的接触 312-313与黑暗组织的接触 329-329 金钱买不到的友情（注意开头） 338-329 四辆保时捷 340-341厕所里隐藏的秘密 343-344便利店的陷阱 345与黑衣组织正面对决 满月之夜的双重谜案 371沉默的航线（手机按键！） 375星星和香烟的暗号（结尾又是手机按键 鸟取镇） 385-387斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音 394奇异屋宇的大冒险（开头） 425黑暗冲击！组织魔爪伸来的瞬间 429-430无法归来的二人（本堂登场） 446447无法归来的二人（本堂的监视） 462-466黑暗组织的影子 479和服部平次在一起的3天 484 485黑色照片的去向 491-504红与黑的碰撞 508卡拉OK包房的死角(后篇) 509红白黄色与侦探团 510 柯南vs双重暗号之谜 511推理对决！新一VS冲矢昴(冲史昂的登场) 563-564 侦探团VS强盗团 到目前就这么多