石河子大学教务处（网址：jwc.shzu.edu.cn）是学校的教学行政管理机构，主要职能就是组织学校本科教育教学工作，石河子大学教务处设有教务管理系统、网络教学平台、教学资源中心、本科教学工程、教师教学发展等教学信息化综合平台。
石河子大学教务处目前下设教学研究办公室、教务管理办公室、实践教学办公室、学籍管理办公室、教学质量办公室、现代教育技术中心、设备教材供应中心，管理兵团大中专院校师资培训中心及校本科教学工作评估工作，现有人员43人。教务处教学管理工作的指导思想是“遵循教育规律，深化教学改革，创新人才培养模式，严格教学管理，强化服务意识，提高教学质量”。 |
