新冠病毒到底突变了没有？这个问题之前引发了学术争议。3月26日晚，中国科学院副秘书长、中国科学院院士周琪表示，新冠病毒在中国依然没有发生重大突变，这跟国外的情况不太一样。 生命时报报道称，周琪院士表示病毒需要存活下来，所以变异是病毒发展过程中必然发生的事情，到现在全球已经有很多文章在描述病毒发生变异的情况。 周琪院士称，从中国的情况来看，病毒变异发生得并不显著。我们从1月11日发现病毒，测了全序列之后，到今天依然没有发现有重大的突变发生，跟国际上其他国家发现的情况是不太一样的。
3月3日，中国科学院主办的《国家科学评论》(National Science Review)发表论文《关于SARS-CoV-2的起源和持续进化》指出，通过对目前为止最大规模的103个新冠病毒全基因组分子进化分析，发现新冠病毒已经在近期产生了149个突变点，并演化出了两个亚型，101个都属于这两种亚型。 不过3月12日，论文通讯作者陆剑研究员、崔杰研究员发表了补充性声明，称原论文中的用词“侵略性”具有误导性，应该用更精确的术语“更高的频率”代替，将在论文印刷版本中进行更正。
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